Данные правки нужно вносить в файле PHP.INI в файлах по адресу: /etc/php5/apache2/php.ini и /etc/php5/cgi/php.ini
К примеру нужно установить ограничение для загрузки файлов на 64МБ:
upload_max_filesize = 64M
Важно: после правок указанных файлов, для применения новых настроек необходим перезапуск веб-сервиса Apache. Сделать это можно в ISPManager под root в разделе “Сервисы”.